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소속 교단에서의 탈퇴 또는 소속 교단의 변경결의가 적법·유효하게 이루어졌다는 점은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2007. 6. 29.자 2007마224 결정참조). 반대로 결의를 무효로 돌릴 정도의 중대한 절차적 하자가 있다는 사실 역시 주장하는 자가 입증해야 한다. 

교인총회(공동의회)는 비법인사단의 사원총회에 해당하는데, 동 총회에 불참한 교인은 기존 교회 신도로서의 권한을 포기한 것으로 본다.

공동의회(교인총회) 결의로서 기존 교회가 소속 노회와 교단을 탈퇴하였다면, 교회 교인들도 당연히 노회 탈퇴 결의에 따라야 할 지위에 있다. 이를 도외시하고 계속 탈퇴 이전의 노회 소속을 고집하고 있는 것은 기존 교회의 방침에 불응한 것이다

탈퇴한 교회는 기존 교회를 계승하고 있으며, 종전 교회의 부동산은 교단을 탈퇴한 교인들에게 총유적으로 귀속된다(서울고등법원 2009. 2. 20. 선고 2008나30873 판결).

교인들은 자신이 신봉하는 교리에 좇아 자유로이 교회를 선택하거나 또는 선택하였던 교회를 탈퇴함으로써 종교적 자유를 향유할 수 있다. 뿐만 아니라, 만약 적법하게 교단변경 결의가 이루어진 경우에 이에 반대하는 교인들로서도 자신이 원하는 교단 소속 교회를 찾아감으로써 자신의 종교적 신념을 유지할 수 있다(대법원 2006. 4. 20. 선고 2004다37775 전원합의체 판결).

교회 교인들은 자신의 종교적, 교리적 신념에 따라 자유롭게 교회를 선택하여 종교의 자유를 누릴 수 있다. 또한 교회를 탈퇴함으로 자신의 종교적 자유를 누릴 수 있다. 그러나 공동의회(교인총회)에서 적법하게 교단탈퇴가 이루어졌다면, 이에 반대한 교인들은 자신이 원하는 교단 소속 교회로 찾아가 자신의 종교적 신념을 유지할 수 있다.

이 이야기는 공동의회를 통하여 적법하게 교단탈퇴가 이루어졌다면 이를 반대한 교인들은 그 교회에 계속 머무르든지 다른 교회로 옮겨 신앙생활을 할 수 있다. 단지 교단을 탈퇴하여 종전 교회의 재산은 탈퇴한 교인들에게 총유적으로 귀속되므로 탈퇴를 반대한 교인들에게 별도로 재산이 귀속되지 않는다.

다만 교단변경 결의에는 지교회의 종교적 자유와 함께 지교회의 존립목적 유지라는 양 측면에서의 내재적 한계가 존재한다. 종교적 자유의 본질에 의해 교단탈퇴 결의는 지교회 존립목적에 반한 기독교가 아닌 전혀 다른 종교로 변경할 수 없디. 교회의 존립목적에 본질적으로 위배되는 교단변경 결의는 정관이나 규약 변경의 한계를 넘어서는 것이므로 허용될 수 없다.

법원은 교회의 신앙단체로서의 성격과 사단으로서의 성격을 모두 인정한다. 그런면서도, 신앙단체로 특질(特質, 다른 것과 구별되는 성질)에 대하여는 종교의 고유한 영역에 맡긴다. 또한 사단으로서의 특질에 대하여는 민법의 일반원리에 의하여 규율함으로써 사법질서의 통일성을 기한다.

교단 탈퇴 및 변경은 적법한 소집절차에 따른 결의를 거칠 것이 요구된다. 반대로 교단 탈퇴에 반대하는 교인들로서도 만약 위의 요건을 갖추어 결의가 이루어진 경우에는 여기에 승복할 것이 요구된다.

이같이 “민주주의 원칙과 민법의 법인 아닌 사단에 관한 일반 법리에 따른 교회 운영이 가능해지고 교회 분쟁에 대한 예방적 기능을 수행할 수 있게 된다”는 것이 대법원 판례법리이다(이상 2006. 4. 20. 선고 2004다37775 전원합의체 판결 참조).