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대한예수교장로회 헌법의 정치편 제1장 원리에서 가장 먼저 규정한 원리는 ‘양심의 자유’이다. 이 양심의 자유는 장로회 정치원리에서 중요한 원리이다.

하나님께서 각 신자에게 양심의 자유를 주셨다. 신앙과 예배에 대하여 성경에 위반되거나 과분한 교훈과 명령을 받지 않게 하셨다. 신자에게 양심대로 판단할 권리가 있으며, 누구든지 이 권리를 침해할 수 없다.

조선예수교장로회 제27회 총회(1938)가 바로 전형적인 양심의 자유를 침해한 결의를 했다. 신사참배가 죄가 아니기 때문에 신사참배를 해야 한다는 결의는 신사참배를 거부할 수 있는 양심의 자유를 침해했다.

대한민국 헌법에서 양심의 자유를 보호한다. 헌법이 보호하고자 하는 양심은 ‘어떤 일의 옳고 그름을 판단함에 있어서 그렇게 행동하지 않고는 자신의 인격적 존재가치가 파멸되고 말 것이라는 강력하고 진지한 마음의 소리로서 절박하고 구체적인 양심’을 말하고 있다.

그런데 양심의 자유에는 이러한 양심 형성의 자유와 양심상 결정의 자유를 포함하는 내심적 자유뿐만 아니라 소극적인 부작위[부작위 不作爲, 마땅히 해야 할 것으로 기대되는 일정한 행위를 하지 않는 일]에 의하여 양심상 결정을 외부로 표현하고 실현할 수 있는 자유, 즉 양심상 결정에 반하는 행위를 강제 받지 아니할 자유도 함께 포함되어 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2004. 7. 15. 선고 2004도2965 전원합의체 판결).

장로회 정치원리에서의 양심의 자유는 언제나 교회 자유(교회 헌법, 제1장 제2조)에 견제를 받는다. 양심의 자유란 교회 자유에 의해 견제를 받아야 한다. 예수 그리스도의 정하신 대로 각종 규범을 설정할 교회의 자유를 양심의 자유라는 이름으로 무력화시켜서는 안 된다.

한국교회법연구소 소재열 박사